Ενώ ανακάμπτει από τα τραύματά του, από το προηγούμενο παιχνίδι, ο Kazuma Kiryu προσεγγίζεται στο νοσοκομείο από την αστυνομία, η οποία σκοπεύει να τον συλλάβει για τα προηγούμενα εγκλήματά του. Ο Kiryu επιλέγει να μην αντισταθεί στη σύλληψη και ξοδεύει πρόθυμα τρία χρόνια φυλάκισης για να ζήσει ειρηνικά με τα παιδιά που είχε υιοθετήσει. Ο Kiryu επιστρέφει στο Kamurocho για να ψάξει για τη Haruka και ανακαλύπτει ότι έχει μείνει σε κώμα μετά από ένα ατύχημα, ανακαλύπτοντας ότι έχει ένα νεογέννητο γιο, τον Haruto.
